I 1525 prædikede Hans Tausen lutheranismen ved Johanniterklosteret i Viborg, og i 1526 blev han 1. kapellan ved Viborg Domkirke.
Hans Tausen blev kaldt hjem, da Prior Eskil Thomsen på Antvorskov Kloster blev betænkelig og sendte ham til Viborg Johanniterkloster, hvor prior, den lærde og højt ansete magsiter Peder Jensen, måske kunne bringe ham på bedre tanker.

Han kom til Viborg i 1525, og var i den første tid i Korsbrødreklostret, som forløb roligt. Han blev sat til at læse med munkene og fik lov til at prædike i klosterkirken om søndagen efter aftensangen, sidst på eftermiddagen. Mange tilhørere strømmede til, når han talte. Og jo mere det rygtedes, dels flere kom der til, og det varede ikke længe, før de sluttede kreds om ham.
Viborg blev den første by i kongeriget, hvor luthersk forkyndelse lød offentligt. Den prædiken, Hans Tausen førte frem, var der jordbund for. Kirken var fyldt til trængsel, og der blev lyttet i spænding.
Der blev hurtigt et fast bånd imellem den nye prædiker og hans mange tilhører, så der dannede sig en fri kreds om hans forkyndelse. Samtidig var det klart, at denne tilstand ikke kunne vare ved. Det lå i luften, der ville ske noget, enten til forording eller til videre udvikling.
Hans Tausens evangeliske forkyndelse samlede en stor menighed om ham, deriblandt flere af byens bedste mænd, og da munkene blev betænkelige, brød Tausen med dem, lagde munkekappen og tog ophold i borgmester Peder Tranes hus.

Så mens borgerne i Viborg sluttede sig til Lutherdommen blev han anklaget for kætteri. Biskop Jens Andersen Beldenak i Odense skrev mod det lutherske kætteri i Viborg, men Tausen tog ordet til forsvar og kom med et modskrift I 1528.
Men St. Hans Kirke blev stillet til Hans Tausens rådighed, så han kunne prædike, og som lagde menneskene på hjertet. De blev ikke trætte af at høre ham, derfor kunne kirken efterhånden ikke rumme de skarer, der strømmede til. Om sommeren, når vejret var godt, samledes de ude på kirkegården - det nuværende Nytorv - og Hans Tausen stod da på tårntrappen og talte derfra.
Samtidig begyndte han med dansk salmesang.
I 1527 gjorde Hans Tausen et skridt, som gjorde stærkt indtryk på, idet han giftede sig med hustruen Dorothea.
Borgerne syntes nu, at han skulle have den rummelige Gråbrødrekirke. Borgerne henvendte sig da til Gråbrødrene og bad dem om at få husly i deres kirke søndag eftermiddag. Men det blev til et nej.
En dag gik borgerne over til selvhjælp, idet de sprængte kirkedøren og førte Hans Tausen ind. Han prædikede derefter en tid på en bænk inde i kirken.
Et stykke tid blev kirken brugt af begge parter, af Munkene søndag formiddag, af de evangeliske søndag eftermiddag. Men det kom til sammenstød. En dag Hans Tausen stod på prædikestolen, rykkede den katolske bispes befalingsmand Poul Stigsen, med mandskab ind i Gråbrødrekirke. Men borgerne slog kreds om deres præst.
Andre løb ud på gaden og tog, hvad de kunne få fat på til forsvarsbrug. Kvinderne hentede også våben, og da Poul Stigsen så, det kunne blive farligt, trak hans sig tilbage med sine mænd.

Hans Tausen blev senere sognepræst ved kirken og med ham sejrede reformationen i Viborg.
Bevægelsen bredte sig mere og mere, nye prædikanter vandt frem, således Jørgen Jensen Sadolin, gudstjenesten arrangeredes, og Tausen udgav flere skrifter til belæring og opbyggelse og fik efterhånden gjort Viborg næsten helt evangelisk.
Tausen og byen
Efterhånden gav hans Lutherske opfattelse efterhånden så utvetydigt udtryk, at prioren i Viborg måtte skride ind, også fordi flere af hans ordensbrødre i Viborg var blevet påvirket af Hans Tausen.
Da Hans Tausen imidlertid fastholdte hans reformatoriske opfattelse, blev han sandsynligvis udstødt af hans orden i 1526.
Hans Tausen har senere understreget at han ikke var ”en forløben munk”, som katolikkerne havde kaldt ham, ”men meget mere forvist og fordrevet”. Efter gældende regler burde Hans Tausen have været sat i fængsel på livstid i klosteret, for at han her ”på livstid på smertens vand og brød kan beklage og sørge over sine synder”. At man ikke anvendte denne strenge straf skyldes formentlig, at dette ville vække en sådan harme blandt byens borgere, at de ville true klosterets eksistens.

Historik

I 1800-tallet var der blevet for mange kirker i Viborg, og Gråbrødre Kirke blev nedlagt. Den sidste gudstjeneste blev holdt den 6. december 1812, og de sidste rester af kirken forsvandt i 1830. Hvor kirken lå, blev der i 1836 anlagt et haveanlæg, der blev indviet i anledning af reformationens 300 års jubilæum med opstilling af en mindestøtte for Hans Tausen, udført af billedhugger H. E. Freund fra København.

Der er fortsat bygninger af Gråbrødrekloster i Viborg, hvor Hans Tausen ofte opholdt sig mens han endnu var i den historiske by.