I 1521 traf Hans Tausen imidlertid som læsemester ved Københavns Universitet, men en måned efter Christian 2.'s flugt 1523 blev han indskrevet ved universitetet i Wittenberg. Til dette tidspunkt kendes hans liv kun for de ydre rammer, men nu ved man, at han i henved to år studerede under Luther
I 1521 studerende Hans Tausen ved Københavns Universitet og 1529 var han Præst ved Nikolaj Kirke i København. 1537 blev han lektor ved Københavns Universitet.

I oktober 1521, blev Hans Tausen  indskrevet som student ved det teologiske fakultet i København, og i 1530 vendte han tilbage til hovedstaden, hvor han prædikede i Nikolai kirke.

Der var stadig kirkekamp, og nogle forsøgte at skrue tiden tilbage. Derfor blev der rejst anklage mod Hans Tausen for kætteri. Dommerne var de katolske rigsrådere - og for en kætter kunne dommen ikke blive mildere end døden.
Men den kom til at lyde på, at han ikke måtte prædike i de københavnske kirker, ikke skrive eller eller trykke bøger. Desuden blev han forvist fra Sjælland.

Borgerne i København blev ophidsede, især på biskop Joachim Rønnow fra Roskilde. Ham havde de lyst til at tage fat på. Da han kom ud fra rådhuset efter dommen, stimlede rasende borgere frem mod ham. Men Tausen trådte til og ledsagede ham til bispegården ved Frue Kirke, så han undgik at lide overlast. Dette højsind mod en fjende, der havde ønsket ham dømt fra livet, viste, hvor fast Tausen overbevisning var, at sandhed og ret nok skulle sejere til sidst.
I 1533 blev forvisningsdommen ophævet, og Hans Tausen fik igen lov til at virke som præst i København.

Han fik her overdraget undervisning i Habraisk ved Københavns Universitet.  Den kom dog ikke til at vare længe. Da der var gået tre måneder, kom der bud fra Roskilde om, at man gerne ville have ham der. 
Han blev forflyttet til Roskilde i begyndelsen af 1538. Han skulle blandt andet holde forelæsninger for gejstligheden ikke blot fra byen men fra hele omegnen, der blev af største betydning for de tidligere katolske præster.
I anledning af den teologiske lærergerning i Roskilde blev Hans Tausen i juli 1538 af Universitetet udnævnt til Baccalaur i den hellige skrift.
I Roskilde fik han også et nyt hjem, idet han giftede sig med Anna Andersdatter. Hun døde i 1570.

Byen

1529 blev Hans Tausen af kongen kaldt til København, hvor han prædikerede i Nikolaj Kirke, og hans prædikener her vakte sådan et røre, at København i løbet af et år blev overvejende Luthersk. I Julie 1533 blev han af samtlige biskopper for rigsrådet anklaget for kætteri og injurier. Han blev dømt  14. juli 1533. Hans Tausen blev sikkert dømt og kendt skyldig i alle anklager, original domspapirer kendes dog ikke i dag. Efter gældende lovgivning havde han forbudt liv og gods. Af hensyn til de københavnske borgeres truende holdning, nøjedes man med ”for guds skyld og dannemænds forbøns skyld” at forvise ham fra Sjællands og Skånes stifter, og der pålagdes ham streng censur. Da dommen rygtes, vendte borgernes vrede sig mod den udvalgte Roskildebiskob, Joachim Rønnow, og kun ved Hans Tausens mellemkomst slap Rønnow helskindet tilbage til bispegården i København. Carl Bloch har i sit kendte maleri fra 1876 skildret dette optrin, billedet hænger i Københavns Universitets festsal og er grundlag for loge 54s logo. Kort efter, 16 august 1533, fik rigshofmester Mogens Gøye, der også var Lutheraner, et forlig på plads. Hans Tausen fik tilladelse til at vende tilbage til hovedstaden mod at forpligte sig til at prædike ”uden al skældsord”. Under Grevens Fejde i årene 1534 til 1536, hvor København blev belejret i et helt år, fra 24. juli 1535 til 28. juli 1536, udførte Hans Tausen sin præstegerning ved Nikolaj kirke og påbegyndte sin oversættelse af det gamle testamente, hvoraf de 5 mosebøger udkom i 1535. At han ikke oversatte det nye testamente skyldes sikkert at der allerede var udgivet udgaver af dette i  1524 af Hans Mikkelsen og i 1529 og 31 af Christian Pedersen. Hans Tausen blev medlem af den kommission, der udarbejdede den latinske kirkeordinans af 2. september 1537 og blev 9 september tillige udnævnt som lektor i hebraisk ved Københavns universitet som den første der her i landet underviste i dette sprog.

Efter at have fungeret på universitetet i Rostock tog Tausen tilbage til Danmark, hvor han i oktober 1521 blev immatrikuleret ved Københavns Universitet for at studere "ad theologiæ facultatis professionem" - skolastisk teologi. Her på Københavns Universitet har han truffet Poul Helgesen (Paulus Helie), og Tausen skriver nogle år efter: "Vi har fortæret så meget brød tilsammen, at han kender mig ikke så balstyrig og ufredsom, at jeg ville gøre et menneske ondt, dersom jeg end kunde".
Den periode, hvor Tausen studerede ved universitetet i København, var en meget spændende periode, hvad angår udviklingen inden for dansk kirkepolitik. Det var i denne periode, at der var fuld gang i "udvalgsarbejdet" for at lave den nye rigslovgivning.
Den kirkepolitiske stemning i København var stærkt præget af et reformkatolsk miljø, ikke mindst omkring karmelittermunkene og i særdeleshed omkring Poul Helgesen. Miljøet betød, at man var ganske kritisk over for en række af den katolske kirkes dogmer, og især den måde hvorpå den katolske kirke administrerede afladshandlen.
Men det var også et miljø, hvor man interesseret fulgte med i og havde forståelse for Luthers teologi i Wittenberg. Poul Helgesen selv var jo den (som tidligere omtalt), der introducerede Luthers tanker for sine studerende.

Men nu skal man huske på, at en af de største forskelle mellem det middelalderlige samfund og vort ligger i kommunikationen. med få brøkdele af sekunders forsinkelse kunne vi se, at de amerikanske fly lettede for at angribe Irak under Golfkrigen. Vi kan sende et brev pr. telefax til den anden ende af jorden, og det er fremme sekunder senere. I det sen middelalderlige samfund kunne der gå måneder før informationer nåede frem, og så var det ofte på anden eller tredje hånd. Derfor var beddømmelses grundlaget et andet, og derfor er der næppe grund til at lægge meget i, at Tausen kom til at studere på Luthers eget universitet i Wittenberg.

Det er rimeligt at antage, bl.a. på grund af Tausens egne kommentarer, at Poul Helgesen som lærer kom til at betyde en del for Tausens teologiske udvikling; også fordi det er overvejende sandsynligt, at han boede på karmelitter kollegiet i København.
Men det var ikke kun Poul Helgesen, der kunne trække Tausen i retning af Luther. Christian den 2. havde indkaldt nogle Wittenberg-teologer til at arbejde i København. Den berømte Karlstadt var rejst fra København, da Tausen begyndte at studere i byen, men Gabler fra universitetet i Wittenberg var blevet indsat som lærer i græsk og Det Ny Testamente, og det er hævet over enhver tvivl, at Tausen har haft ham som lærer. Man kan derfor roligt sige, at der var skabt en grobund for Luthers tanker.
Fra Poul Helgesen fik Tausen formodentlig også en god portion skepsis mod Christian den 2. Efter al sandsynlighed oplevede Tausen også i denne periode, at kongen fik brændt Didrik Slagheck, som han selv havde fået indsat som ærkebisp i Lund, på bålet i København for dennes ugerninger bl.a. i Stockholm. Det var i disse år, at Poul Helgesen tog bladet fra munden over for kongen. Ifølge Skibby krøniken holdt Poul Helgesen en prædiken for kongen om Herodes og hans elskerinde Herodias, som kongen kun kunne forstå som et angreb på sin egen glæde over det samliv, som han havde haft med Dyveke. Det resulterede i, at kongen inddrog karmelitter kollegiet for derigennem at ramme Poul Helgesen, som var flygtet. Tausen holdt sig helt uden for dette og andre politiske forviklinger, og det fortsatte han med, også da han må have mødt Christian den 2.'s landflygtige hof i Wittenberg.

Hans Tausen var nu nået den kanoniske alder for at kunne blev ordineret som præst, og under et ophold i Danmark 1519 blev han ordineret til præst af biskop Lave Urne. I 1520 holdt, nu med titlen dominus, der tilkom ham som præst, forelæsninger i Rostock over Aristoteles’ filosofi. I oktober 1521 immatrikuleredes han ved Københavns universitet for at studere teologi,
1529 rejste han imidlertid til København, sandsynligvis efter kongens ordre, og fik her St. Nicolai kirke anvist til evangelisk gudstjeneste. Biskoppen i København Joachim Rønnov søgte at lægge ham hindringer i vejen, men uden held, og snart kom der flere lutherske prædikanter til, således at reformationen også i København bredte sig med hast.

På herredagen i København 1530 spillede Tausen en hovedrolle. Dog er det ikke klart, hvor stor en andel han har i affattelsen af de 43 artikler, som blev fremlagt fra de evangeliskes side. Derimod skrev han et dygtigt modskrift samme år mod Poul Helgesen. Billedstormen var Tausen imod, og han var i det hele mere konservativ end flere af de andre reformatorer i spørgsmålene vedrørende de ydre skikke, men han kunne være voldsom i sine udtalelser.

Efter Frederik 1.'s død 1533 optrådte Poul Helgesen mod Tausen med anklage for kætteri, og en tid så det truende nok ud, men Tausen blev dog i sin gerning mod at afgive en erklæring om at vise biskoppen lydighed og afholde sig fra skældsord mod gejstlige personer. De følgende år var han vistnok stadig ved St. Nicolai kirke, også under Grevens Fejde, og på den tid udarbejdede han en oversættelse på dansk af de 5 mosebøger (udgivet i Magdeburg 1535).

Under Christian 3. kom Tausen til ære og værdighed, og han tilegnede kongen en postil over kirkeårets evangelier og epistler (udgivet i Magdeburg 1539, et udvalg er udgivet af L. Helveg 1850). Tausen deltog i arbejdet på den danske kirkeordinans, var en tid lærer i hebraisk ved universitetet og blev derefter 1538 læremester og prædikant ved Roskilde Domkirke, alt samtidig med, at han var sognepræst ved St. Nicolai kirke i København.

Hans Tausens Kirke
Af interiøret kan fremhæves alterbord og kors, som er udskåret af sognepræst Fritz Lerche, der virkede ved Hans Tausens Kirke i årene 1919-64. Desuden er der opstillet en statue af den store lutherske reformator Hans Tausen, der har lagt navn til kirken. Statuen er udført af billedhuggeren Johannes Bjerg i 1940-42, og en bronzeafstøbning af værket er placeret foran Ribe Domkirke
Til venstre for menighedshuset kan man gå ind i den hyggelige kirkehave, hvorfra man også kan se præsteboligen, der er Islands Brygges eneste parcelhus.